课题组主页：https://pfgjjhhzokgi.site.creght.cn/。（持续更新中。）

秦芳菲博士2012年本科毕业于中山大学药学院，2020年博士毕业于北大-清华生命科学联合中心化学生物学方向，2022年至2024年在麻省理工学院/怀特海德研究所进行细胞生物学博士后研究，2025年起任天津大学生命科学学院英才副教授并成立课题组，2026年起加入天津大学合成生物与生物制造学院。秦芳菲博士本科毕业于中山大学药学院，博士毕业于北京大学，随后在怀特海德研究所/麻省理工学院（MIT）从事博士后研究。在陈鹏教授、Rudolf Jaenisch院士等的指导下，她提出了染色质空间蛋白质组学的概念，迄今为止在Cell, Nat. Biomed. Eng.，Nat. Commun., JACS, Angew. Chem.等杂志上发表多篇文章。秦芳菲博士归国后入职天津大学成立课题组，依托天津大学合成生物技术全国重点实验室，参与2025年教育部、财政部共同启动实施的“基础学科和交叉学科突破计划（合成高等生物学）”。期待全面融合化学与生物学两大基础学科，探索未来精准医疗发展的无限可能。

基于前期的研究基础和技术优势，秦芳菲实验室将合成生物学与干细胞生物学相结合，开发用于细胞工程和治疗干预的下一代工具。我们的研究计划包括三个相互补充的方向：

1. 染色质动态机制解析：通过化学生物学、合成生物学等手段，结合多组学工具，解析染色质动态调控机制。  

2. 基因和细胞疗法开发：设计基因/细胞疗法，精准靶向遗传性基因疾病。

3. 跨物种基因进化：聚焦重复序列、转座元件，辅助AI计算结合干细胞平台，探索跨物种基因进化。  

相关报道如下:

1. 天津大学医学部生命科学学院秦芳菲英才副教授受邀参加2025年环太平洋化学大会:

https://news.tju.edu.cn/info/1019/582129.htm

2. Cell作者专访｜SiTomics技术解析蛋白质翻译后修饰机制与功能: 

https://baijiahao.baidu.com/s?id=1779446908878013014&wfr=spider&for=pc

3. 陈鹏团队实现活细胞中染色质化学修饰的编码表达与串联解析，芝加哥大学何川教授作点评：

https://www.chem.pku.edu.cn/kyjz/147275.htm

4. 【生科午间沙龙】预告：染色质空间蛋白质组学与精准医疗：

https://mp.weixin.qq.com/s/Mxa21OrsHrayc0QDlEge0g

• 染色体主要由DNA缠绕着组蛋白形成的核小体组成，与一系列修饰相互作用蛋白、转录因子、染色质重塑因子等结合，形成高度浓缩的聚集体。转座子，又被称为“跳跃的基因”，能够自我复制并转移到其他随机基因位点（即“转座”）。它们不仅为生物进化提供了丰富的遗传材料，还在物种的适应性进化中扮演了关键角色，是基因组进化的驱动力之一，也是生物多样性和复杂性的重要来源。
  我们致力于时空解析染色质化空间蛋白质组，将多学科交叉技术全面应用于解码生命奥秘的前沿研究，期望对基因转座过程中DNA片段的筛选和进化，及时空精准基因表达调控提供分子理论基础。

• 北京大学优秀毕业生
• 北京市优秀毕业生

• X. Gao, ..., F. Qin, ... and David R. Liu*..In vivo base editing rescues liver pathophysiology and peroxisome dysfunction in a mouse model of Zellweger spectrum disorder.Nature Biomedical....2026
• X. Gao, ..., F. Qin, ... and David R. Liu*.Rescue of Zellweger Spectrum Disorder in Mice and in Patient Cells by Base Editing.28th Annual Meeti....2025
• F. Qin,#,* B. Li,# X. Ji,* and P. Chen*.Linking chromatin acylation mark-defined proteome and genome in living cells.Cell.2023,186 (5):1066-1085
• X. Xie,# X. Li,# F. Qin,# X. Li*, and P. Chen.Genetically encoded photoaffinity histone marks.JACS.2017,139 (19):6522-6525
• H. Wang, ... F. Qin, ..., and Xiong Ji*.The transcriptional coactivator RUVBL2 regulates Pol II clustering with diverse transcription factors.Nature communicat....2022,13 (1):5703
• H. Luo, ... F. Qin, ..., and Peng R. Chen*.Photocatalytic Chemical Crosslinking for Profiling RNA–Protein Interactions in Living Cells.Angewandte Chemie....2022,61 (27):e202202008